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Aunque Chrono es asesinado por la criatura Lavos, en el reino de Zeal, es posible devolverlo a la vida. Aunque es opcional, resucitarlo le da al juego un final completamente diferente y le permite a Chrono usar "tecnologías" dobles y triples en las etapas finales del juego.
Paso 1
Juega la primera parte de la historia hasta que Chrono sea asesinado por Lavos, luego aparecerá la ciudad flotante de Block Omen y el grupo tomará el control del avión de viaje en el tiempo.
Paso 2
Lleva al grupo al Fin de los Tiempos, donde se encuentran los portales. Habla con el anciano de allí y te dará un objeto llamado Chrono Trigger, que puede usarse para rescatar a Chrono de las garras de la muerte.
Paso 3
Viaja con Epoch hasta las 2300. Ve a la Cúpula del Guardián y usa el colgante para abrir la puerta trasera sellada. Entra a través de él y habla con la gran criatura azul llamada Nu. Ella dirá que para resucitar a Chrono, su grupo tendrá que encontrar algo para usar como un clon y llevarlo a la cima de Death Peek, junto con Chrono Trigger.
Paso 4
Vuelve al año 1000 con Epoch y ve a la Millennial Fair. Ingrese a la carpa más grande a la derecha de la pantalla. Juega el minijuego para ganar el Chrono Clone, que es enviado a la casa de Chrono. Ve a la casa, en las afueras de la feria, y habla con la madre de Chrono. Ella entregará el clon al grupo.
Paso 5
Regrese al año 2300, para la Cúpula del Guardián. Encuentra al Nu y habla con él de nuevo. Enviará tres muñecos mágicos al Death Peek para ayudar al grupo a escalar.
Paso 6
Entra en Death Peek y ve a la cima. En su camino hacia la montaña, aparecerán las tres muñecas para ayudarlo a enfrentar ciertos obstáculos.
Paso 7
Lucha con las grandes criaturas llamadas "Lavos Spawn" en los límites de la montaña y ve a la cima.
Paso 8
Mira la escena del grupo usando Chrono Trigger y Chrono Clone para devolverle la vida a Chrono.