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Los hongos son un grupo de microorganismos clasificados en un reino separado de plantas y animales. Se encuentran abundantemente en una serie de entornos y viven vidas independientes, dependientes (parásitas) o mutuamente beneficiosas. Los hongos son vitales para mantener el funcionamiento adecuado del ecosistema al descomponer la materia muerta y liberar nutrientes vitales al suelo y a la atmósfera.
Hongos saprofitos
Los hongos saprofitos (o descomponedores) son el grupo más grande de hongos presentes en el suelo. Convierten la materia muerta o en descomposición en ácidos orgánicos, dióxido de carbono y biomasa fúngica (o sus propios cuerpos). Desintegran la materia orgánica dura, como la madera, al consumir sus nutrientes e inmovilizarla en el suelo. Los hongos saprofitos pueden descomponer la celulosa, la lignina (que al descomponerse libera el carbono esencial que utilizan muchos organismos) y las proteínas. Por lo general, se encuentran alrededor de animales muertos, insectos, hojas y árboles caídos. Ejemplos de hongos saprofitos incluyen Pleurotus ostreatus (hongo ostra), Lentinula edodes (shiitake) y Stropharia rugosoannulata (Stropharia rei).
Hongos mutualistas
Los mutualistas son un grupo de hongos que forman relaciones mutuamente beneficiosas (relaciones de las que se benefician ambas especies involucradas) con las plantas. Por lo general, crecen en las raíces de las plantas y las ayudan a obtener nutrientes (como fósforo) del suelo. Los hongos micorrízicos son un grupo de mutualistas que crece dentro de las raíces de las plantas. Hay cuatro grupos principales de hongos micorrízicos, que incluyen orquídeas, ericoides, ectomicorrizas y arbusculares. Casi el 90% de todas las plantas forman asociaciones mutuamente beneficiosas con los hongos micorrízicos. Los ejemplos de hongos mutualistas incluyen los de las familias Zygomycota y Basidiomycota.
Hongos patógenos
Los hongos patógenos invaden su planta huésped y descomponen la materia viva. Eliminan nutrientes vitales de sus huéspedes, lo que hace que la planta se debilite y finalmente muera. Los hongos patógenos penetran en una planta a través de su piel exterior (epidermis) o crecen dentro de su estoma (orificios de respiración). Infectan una planta y la hacen morir, o la dejan vivir mientras roban nutrientes vitales de la planta viva. Las enfermedades de las plantas causadas por hongos presentes en el suelo incluyen pudrición, mancha negra, úlcera, roya, enfermedad de Rhizoctinia, pudrición de la raíz y verruga de la papa. Los hongos patógenos se encuentran comúnmente en el suelo al comienzo de la cosecha. Los ejemplos de hongos patógenos incluyen Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora y Verticillium.